Yo ahí lo vería de otra manera:
Nyu, que sale al principio de la serie y es inocente e infantil
Lucy, que emerge como independiente al final y que es, por decirlo así el "instinto diclonius", homicida y con ansias de destruir la humanidad
Kaede (que se la llama toda la serie lucy hasta el final) que es la verdadera, la que es desde pequeña (...) y que le pidió a kouta que la matase.

Si os fijáis, en la primera viñeta aparecen las dos "conciencias" protegiéndolos, una con el ceño fruncido y otra con aire triste. Para mí que la primera representa a kaede y la segunda a nyu.